Oracle Technology Network for Java Developers | Oracle Technology Network | Oracle を使う。
とりあえずのサンプルとして下記のコードを動かすと、JavaからIEが起動する。もちろんIEのパスやOSは環境依存。
ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder("C:\\Program Files\\Internet Explorer\\iexplore.exe"); pb.start();
ちなみに、commonsにもJavaから外部プロセスを起動するCommons Exec - Apache Commons Execというライブラリがある。が、1.5以降はProcessBuilderを使えと書いてあったので、こっちを使いました。